Молиться можно и нужно. Но, насколько я знаю, исключением являются люди, которых церковь предала анафеме, за них нельзя молиться, например, во время Литургии, поскольку человек отлучён от Таинства. Также нельзя молиться во время Литургии за некрещёного человека, и нельзя подавать на проскомидию — это запрещено церковными правилами.
Что касается отпевания, то оно также не производится над некрещёными людьми. Также, если человек являлся сознательным атеистом, то считается, что отпевать его не стоит. Церковь придерживается мнение, что это просто бессмысленно. Дело в том, что отпевание — это молитвы с целью помочь душе, утешить её. А если человек при жизни отвергал Бога, отпевание не поможет его душе, и если священник знал об атеизме усопшего, то может даже отказаться отпевать его. Но вообще-то в современных реалиях это маловероятно, поскольку церковные обряды у нас поставлены на поток — пришли, договорились, заплатили, и никто не будет ничего спрашивать. Но стоит помнить, что всё это делается не для галочки, а для души.